ポリゴンモデルのデータ構造の1つにHalfedge Structure（ハーフエッジ構造）というものがあって、私自身のプログラムでもよく使っています。
次の図は、私が学生のころにtgifで作った説明図（なつかしい！）。
Halfedgeには始点と終点があるのですが、データ構造としては始点の頂点の参照を保持するようになっています。
一方で、終点（矢印の先）の頂点の参照を保持させる、というデータ構造を採用するケースもあるようです。
もちろん、どちらでも問題ありません。
でも、長年にわたってHalfedgeが始点の頂点を参照する実装を使っていたので、終点の頂点を参照するデータ構造のプログラムコードを見ると、ちょっと戸惑います。
で、どっちが主流なのかなと思って調べてみました。
■ 終点（矢印の先）を参照するデータ構造を採用している例
・CGAL （該当箇所）
・OpenMesh（該当箇所）
・The Half-Edge Data Structure by Max McGuire
■ 始点を参照するデータ構造を採用している例
・Hisui（株式会社カタッチ） （該当箇所）
・東京大学 鈴木宏正先生の講義スライド：ソリッドモデリングとCADの基礎 28ページ
・齋藤満昭, 多重解像度Marching-Cubes法 (PDF)
というわけで、（サンプル数が非常に少ないですが）見事に日本と海外で別れましたw(￣o￣)w
国内は、東京大学の鈴木宏正先生の研究室の流派かな、という気がします（私もそうです）。同じく鈴木研究室出身の金井崇先生も、たぶん、始点を参照する派だったと思います。記憶が定かではないですが、勉強会で読んだ Martti Mantyla. "An Introduction to Solid Modeling. Computer Science Press", 1988に載っていた実装方法が原点と思います。
ただ、現在の普及率からすると、終点を参照する方が主流なのかなぁ、と感じました。
ちなみに、Mario Botschらの"Polygon Mesh Processing"でも、終点を参照する方法が紹介されています。
(追記 2012.2.21)
Brown 大学のGabriel Taubin氏の講義資料では始点を参照しています。
http://mesh.brown.edu/3dpgp-2007/pdfs/02-HalfEdge.pdf
Ryan Holmes氏のDCEL（Doubly-Connected Edge List）の実装でも始点を参照しています。
http://www.holmes3d.net/graphics/dcel/
Xianfeng Gu氏のHalfedge Mesh Libraryの実装でも始点を参照しています。
http://www.cs.sunysb.edu/~gu/software/MeshLib/index.html
ちなみに、対になるHalfedgeへの参照の変数名は mate, pair, twin, opposite など様々です。
